II Międzynarodowy Kongres Nauk Historycznych pierwotnie był zaplanowany na 16-25 kwietnia 1902 roku. Nad jego przygotowaniami czuwał prezes Komitetu Organizacyjnego Enrico Teodorico Luigi Giovanni Maria hrabia San Martino i Valperga, prezes Akademii Muzycznej św. Cecylii w Rzymie oraz radca tegoż miasta ds. edukacji. Bezpośrednio odpowiedzialny za nie był archeolog Ettore Pais, profesor Uniwersytetu im. Fryderyka II w Neapolu i dyrektor tamtejszego muzeum archeologicznego, a także uczeń i przyjaciel Theodora Mommsena. Funkcję sekretarza komitetu pełnił historyk Giacomo Gorrini. W skład komitetu wchodzili m.in. archeolog i architekt Giacomo Boni, archeolog Luigi Ceci, główny przeciwnik Paisa, oraz historycy Giovanni Monticolo, Niccolo Barozzi, Guglielmo Berchet, pisarz i poseł Pompeo Gherardo Molmenti i hr. Filippo Nani Mocenigo. W Komitecie zasiadali też m.in. rzeźbiarz Adolfo Apolloni, prawnik Carlo Fiorilli, senator i dyplomata Giuseppe Greppi, ekonomista Francesco Saverio Nitti oraz filozof Benedetto Croce. Wrogie nastawienie włoskiego środowiska akademickiego wobec Paisa, którego uważano za zdrajcę z powodu popierania przez niego teorii niemieckich uczonych odnośnie do początków Rzymu, doprowadziło do dymisji komitetu i odłożenia organizacji kongresu na czas nieokreślony.

Na czele nowego Komitetu Organizacyjnego, powołanego przez ministra edukacji Nunzia Nasiego, stanął historyk, senator oraz były minister edukacji Pasquale Villari, ceniony w kraju i za granicą jako badacz Girolamo Savonaroli i Niccolo Machiavellego. Stanowisko sekretarza ponownie powierzono, wspomnianemu już, Gorriniemu. Członkami komitetu byli też literaturoznawca Domenico Pietro Antonio Camparetti, polityk Paolo Boselli oraz historycy Oreste Tommasini i hr. Ugo Balzani. Nad pracami komitetu czuwało dwóch reprezentantów ministerstwa edukacji – senator Graziadio Isaia Ascoli, językoznawca, i Alessandro D’Ancona, pisarz i krytyk literacki. Komitet, zebrawszy się po raz pierwszy 10 lipca przy udziale przedstawicieli najważniejszych instytucji naukowych kraju, przedstawił 21 grudnia królowi Wiktorowi Emanuelowi III ogólny projekt nowego kongresu.
Ostatecznie Kongres odbył się w dniach 1-9 kwietnia 1903 roku. Pomimo że było zdecydowanie mniej sekcji niż zaplanowano w 1902 roku (osiem zamiast dwudziestu), i tak program był bardzo bogaty. Obejmował bowiem nie tylko historię i nauki pomocnicze historii, ale też szereg innych dyscyplin luźno związanych z naukami historycznymi. Pierwsza sekcja była poświęcona historii starożytnej, epigrafii i filologii klasycznej, druga – historii średniowiecznej i nowożytnej, trzecia – historii literatury, czwarta – archeologii, numizmatyce i historii sztuki, muzyki i teatru, piąta – historii prawa i nauk ekonomiczno-społecznych, szósta – historii geografii i geografii historycznej, siódma – historii i filozofii religii, ósma – historii matematyki, fizyki i medycyny. Miejscem obrad był pojezuicki gmach Kolegium Rzymskiego (Collegium Romanum). Jedynie sekcje czwarta, piąta i szósta obradowały odpowiednio w Akademii św. Cecylii, w siedzibie Stowarzyszenia Prawniczego (Circolo giuridico) oraz w siedzibie Włoskiego Stowarzyszenia Geograficznego (Societa geografica italiana).
Były dwie formy wystąpień. Pierwszą tworzyły komunikaty informujące tylko środowisko historyczne o najnowszych odkryciach. Dlatego też nie przewidywano po nich dyskusji. Debata miała natomiast towarzyszyć drugiego rodzaju wystąpieniom, podczas których przedstawiano postulaty badawcze i zespołowe projekty edytorskie. Językiem oficjalnym obrad był włoski. Posługiwali się nim nie tylko miejscowi uczeni, ale też większość zagranicznych prelegentów, z wyjątkiem Francuzów, którzy mówili tylko w swoim języku. W sekcji poświęconej literaturze i filologii klasycznej obradowano natomiast po łacinie.
W porównaniu z poprzednim kongresem liczba uczestników była imponująca. Z 2060 zaproszonych gości wzięło w nim udział 1500-1800 uczestników, w tym około 450 z referatami. Większość stanowili Włosi (1144 i 188 wystąpień), ale licznie reprezentowani byli także Niemcy (358 i 18 wystąpień), Francuzi (194 i 28 wystąpienia), obywatele Austro-Węgier (97 i 6 wystąpień), Anglicy (74 i 5 wystąpień), poddani rosyjscy (47 i 5 wystąpień) oraz Belgowie (31 i 1 wystąpienie). Niemcy reprezentowali m.in. filolog klasyczny Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff, który przewodniczył sekcji filologii klasycznej, teolog Adolf von Harnack, prawnik Otto Gierke, rektor uniwersytetu berlińskiego, oraz dyplomatyk Paul Kehr. Z Francji przybyli m.in. filolog klasyczny i mediewista Paul Meyer, geograf Vidal de la Blache i historyk Gabriel Monod, redaktor „Revue Historique”. Austro-Węgry reprezentowali m.in. Ludo Moritz Hartmann, badacz historii Italii w średniowieczu, i historyk Kościoła Ludwig von Pastor, dyrektor Austriackiego Instytutu Historycznego w Rzymie. Z Londynu przybył prawnik James Bryce, a z Petersburga historyk i filolog Wasylij Iwanowicz Modestow.
Uroczyste otwarcie kongresu poprzedziło zebranie (1 kwietnia), podczas którego uzgodniono szczegóły dotyczące przebiegu inauguracji. Przewodniczenie kongresowi powierzono Pasquale Villariemu. Na jego zastępców wybrano, wspomnianych już, von Harnacka, von Pastora, Meyera, Bryce’a oraz Modestowa, a na honorowych prezydentów, oprócz włoskiego ministra edukacji Nunzio Nasiego, prezydenta Rzymu Prospero Colonnę i ministra spraw zagranicznych Enrico Costantino Morina oraz nieobecnego Theodora Mommsena. Otwarcie kongresu miało miejsce na Kapitolu, w Pałacu Konserwatorów, w obecności króla Wiktora Emanuela III i królowej Heleny z Czarnogóry. Sesję zagaili prezydent Colonna i minister Nasi, którzy podkreślili uniwersalną rolę cywilizacyjną Rzymu i Włoch.
Po nich zabrał głos przewodniczący kongresu Villari, który wygłosił mowę programową. Włoski historyk stwierdził, że o ile w XIX stuleciu ukształtowały się narodowości i dokonała się emancypacja mas robotniczych, o tyle misją XX wieku będzie podniesienie poziomu materialnego i intelektualnego ludów afrykańskich i azjatyckich. Ponadto, piętnując nacjonalizm, Villari podkreślał, że kraje europejskie ze względu na swe usytuowanie pomiędzy Ameryką a Rosją powinny dążyć do porozumienia. W kwestii dyscyplin historycznych Villari podniósł, że historia stanowi jedyną prawdziwą podstawę nauk społecznych, bez których nie byłoby możliwe zrozumienie otaczającego nas świata. Nawoływał przy tym do prowadzenia badań komparatystycznych, twierdząc, że nie można zrozumieć dziejów żadnego narodu bez szerszego spojrzenia i podejmowania współpracy z uczonymi z innych krajów.
Kongres stał się okazją do ukazania postępów dyscyplin, które burzliwie rozwinęły się w drugiej połowie XIX wieku: archeologii, biografistyki, historii kultury, a także biblistyki. Stanowił też ważny etap w procesie odchodzenia od idealizmu historycznego na rzecz alternatywnych koncepcji. Świadczą o tym wystąpienia Ludo Hartmanna i Benedetta Crocego. Przede wszystkim jednak Kongres stanowił forum, na którym przedyskutowano rozmaite postulaty i projekty badawcze. Wiele z nich dotyczyło filologii, edycji źródeł i leksykonów. Proponowano na przykład podjęcie prac nad zbiorem łacińskich nazw własnych (Felice Ramarino), nad bibliografią klasyków greckich i łacińskich (Remigio Sabbadini) oraz stworzeniem międzynarodowego zespołu gromadzącego greckie papirusy literackie (Girolamo Vitelli). Inne projekty skupiały się natomiast na średniowieczu: omawiano m.in. przydatność zbioru włoskich epigrafii średniowiecznych (Francesco Novati) i włoskich dokumentów dyplomatycznych (Luigi Schiaparelli). Z kolei Alessandro D’Ancona proponował publikację słownika bio-bibliograficznego Włochów. Niektóre propozycje dotyczyły wreszcie paleoetnologii (Luigi Pigorini) i geografii historycznej (Giuseppe Dalla Vedova). Pomimo że nie wszystkie wspomniane postulaty zostały potem zrealizowane, Kongres przyczynił się do dyskusji nad rozmaitymi problemami badawczymi.
Podczas obrad przedstawiano też opublikowane już prace lub prowadzone projekty badawcze i edytorskie. Ożywioną dyskusję wywołał wśród Włochów przedruk opracowanego przez Ludovica Antonia Muratoriego zbioru kronik pt. Rerum italicarum scriptores, wydwany przez drukarnię Scipiona Lapiego pod redakcją Giosuego Carducciego i Vittoria Fioriniego. Na sesji obradującej pod przewodnictwem belgijskiego historyka Paula Fredericq’a, w obecności ponad 400 słuchaczy, zaproponowano podjęcie uchwały wspierającej tę inicjatywę. Jednak z powodu sprzeciwu Włoskiego Instytutu Historycznego, który zgodnie ze swoim statutem też zajmował się edytorstwem źródeł, ostatecznie uchwalono apel zlecający wydanie dzieła bez wymieniania prywatnego wydawcy. W dyskusji oprócz Villariego brali udział także wpływowi historycy z zagranicy, jak gdańszczanin Robert Davidsohn, wybitny znawca dziejów Florencji, oraz Gabriel Monod. Podczas obrad Kongresu informowano też o najnowszych odkryciach archeologicznych. Na przykład Luigi Pigorini dokładnie relacjonował badania wykopaliskowe prowadzone przez zespół włoskich archeologów na Krecie.
Obrady Kongresu urozmaicał bogaty program imprez towarzyszących (wystawy, koncerty, przyjęcia). Znaczny rezonans miało odsłonięcie 2 września rekonstrukcji mapy starożytnego Rzymu Forma Urbis Severiana, zrealizowanej przez Rodolfa Lanciniego przy współpracy z Niemieckim Instytutem Archeologicznym w Rzymie. Dzień później otwarto natomiast wystawę topografii Rzymu w Bibliotece im. Wiktora Emanuela II. W programie znalazł się także koncert muzyki sakralnej włoskich mistrzów pod dyrekcją Raffaela Terzianiego oraz koncert mandolinowy w Koloseum.
Organizatorzy oferowali szereg wycieczek krajoznawczych, w tym do miejscowości Norma, Sermoneta i wykopalisk w Norbie. W dniach 14-22 września planowano wyprawę na Sycylię. Zgodnie z planem statek rejsowy miał cumować w kilku punktach wybrzeża, umożliwiając zwiedzanie m.in. Mesyny, Taorminy, Katanii, Syrakuz i Palermo. Podczas podróży powrotnej uczestnicy mieli zatrzymać się w Amalfi, Sorrento i Capri. Z braku odpowiedniej liczby chętnych wycieczka nie doszła jednak do skutku.
Sporo uwagi poświęciła Kongresowi włoska prasa, nie tylko gazety stołeczne, ale również z innych miast. Przyczyniło się do tego wsparcie udzielone przez Ministerstwo Edukacji i zainteresowanie ze strony pary królewskiej. Ocena Kongresu była na ogół pozytywna, choć nie brakowało głosów krytyki. Pewne zastrzeżenia budziła rozległość tematyczna obrad i obecność dyscyplin pośrednio powiązanych z naukami historycznymi. Wobec przewagi zagadnień językoznawczych i literaturoznawczych dramatopisarz Giuseppe Giacosa skarżył się na łamach „Corriere della Sera” na traktowanie po macoszemu sekcji poświęconej historii nauki. Niezadowolenie budziła też forma obrad, tzn. brak dyskusji wokół komunikatów, jak również ich mało odkrywczy charakter oraz lokalny zasięg poruszanych zagadnień. Różne były też opinie w prasie zagranicznej – bardziej krytyczne w Niemczech i Anglii, a raczej pozytywne w Francji.
Owocem Kongresu było 12 tomów akt, które w latach 1904-1907 wydała Accademia dei Lincei. Na marginesie kongresu pojawiły się też publikacje indywidualne, np. tekst wykładu Giacoma Boniego, wygłoszonego podczas zwiedzania Forum rzymskiego.